職業にもよりますが

妹さんの職業にもよってきますが、
オフィス（事務含む）、営業、看護などで働くような職場なら以前別の方にも回答しましたがボールペンなどもいいと思います。
参考（以前の回答）
http://www.ureshikutenamidagatomaranai.com/f/qa_as_neta/213

また初めて働くという事なのでしっかりした名刺入れなども持っていないと思いますので、名刺入れから名刺を出す職種（営業・アパレル・スッチー等）なら名刺入れでかわいい感じの高すぎないブランド物あたりもいいかも。
バーバリーとかＤＡＫＳとかで８０００円ぐらいでデパートの名刺入れ売り場に行けば名刺入れ売ってると思います。
ただし、名刺を渡す事がほとんどない職業なら名刺入れは無しです。

飲食、美容、保育、工場などですと上記２点はあまり当てはまらないと思います。

他では趣味がある程度わかるなら、ピアスあたりならプレゼントしてもいいかもしれません。（ピアスをつけているなら）
指輪、ネックレスなんかだと値段もするし趣味、誰からもらったというのが強いけどピアス程度だと結構気軽に誰からでももらえると思います。
２０００円ぐらいからありますしね。１万円もあればいいの買えます。
ただある程度趣味をわかっている事は前提です。

あと、何かしらの体験をさせてあげるというのもいいと思います。
例えば行った事がないだろうような場所に食事に連れて行ってあげるとか。
Tiki Tiki新宿
http://r.gnavi.co.jp/g068224/
フラダンスが見れてハワイアンダイニングでトロピカルカクテルが飲めます。
個人的に飯食いに行くのお勧めです。
あんまり家族じゃなくて二人で飯を食うとかないだろうし、「お前も就職するんだから就職祝い兼誕生日祝いでいい店連れてってやるよ。」みたいな感じで誘ってたまには兄妹で語ってみてもいいかもしれませんよ。
親がいない場所でしっかりと兄妹の時間を作る事って少ないですからね。
親の事やこれからの人生の事語る事は多いと思います。
もちろん店は別に上記の店じゃなくても問題ありません。

また体験という部分では他にこいつきっとこれ経験した事ないだろうけど、これ経験させてやろうかな、というような事があればそれでもいいと思います。

多少アバウトな回答になりましたがいかがでしょうか？
参考になればと思います。